Omar al-Bashir vào giữa tháng 6/2015 tới Nam Phi tham dự hội nghị thượng đỉnh liên minh Phi Châu. Tổng thống Nam Phi Jacob Zuma trước đó đã hứa là tất cả các người tham dự được hưởng quyền miễn tố tụng. Tuy nhiên, Tòa án Hình sự Quốc tế đã ra lệnh bắt giam Al-Bashir. Nam Phi là một thành viên có bổn phận phải thi hành. Toà án ở Pretoria đã ra lệnh vào ngày 14.6.2015, Al-Bashir không được rời khỏi Nam Phi. Tuy nhiên vào ngày hôm sau ông có lẽ đã trốn về nước.[25]

Từ tháng 12 năm 2018 trở đi, Bashir phải đối mặt với cuộc biểu tình quy mô lớn yêu cầu ông phải rời khỏi quyền lực. Kể từ ngày 11 tháng 4 năm 2019, tình trạng của Bashir với tư cách là tổng thống đã trở nên không chắc chắn sau khi nhiều nguồn tin cho thấy ông đã từ chức. Sau một cuộc đảo chính của quân đội Lực lượng vũ trang Sudan xác nhận trong một "thông báo quan trọng" trên truyền hình nhà nước.[26] ông đã bị lật đổ. Chính quyền mới giam giữ ông trong nhà tù Khartoum khét tiếng, nơi ông từng tống giam nhiều thế hệ người chống đối suốt 3 thập niên cầm quyền của mình.

Vào tháng 8/2019 bị đưa ra xét xử với cáo buộc tham nhũng và sở hữu ngoại tệ bất hợp pháp[27]. Trong các phiên xét xử người quản lý văn phòng tổng thống từ năm 2015-2018 thiếu tướng Yassir Bashir là người duy nhất có chìa khóa của căn phòng tiền khai "Nhiệm vụ của tôi chỉ là giao tiền mặt theo lệnh của al-Bashir".